全保護肽
所有有反應活性的保護基團中，除了需要進行化學反應的基團，其余的都要保護起來，以防止在后續化學反應中發生副反應，降低收率或導致合成失敗。常見保護基團匯總如下：
全保護肽合成展示
例如合成Asp-Lys-Gly-Tyr-連接臂-功能分子這里連接臂選用乙二胺。
步驟一：合成C端羧基裸露的全保護肽Boc-Asp(OtBu)-Lys(Boc)-Gly-Tyr(tBu)-OH，通過Fmoc固相合成方法，可以很簡單的得到，這里僅展示一下最終結構。
步驟二：將乙二胺連接到裸露的C端羧基上（上圖中紅色結構），乙二胺結構如下
反應時需控制原料比例、反應濃度和反應時間，或將其中一個氨基臨時保護起來。
最終得到產物Boc-Asp(OtBu)-Lys(Boc)-Gly-Tyr(tBu)-乙二胺，結構如下
步驟三：將連接臂的另一端和功能小分子結合，例如功能小分子上含有一個羧基，其它基團不參與反應或被保護。
步驟四：去掉所有的保護基團，前期選擇哪種保護基團，取決于實驗的需要，一般是根據實驗路線，去掉保護基團之后，就得到了我們想要的多肽合成衍生物了。示例結構如下：
局部保護肽
局部保護肽相對于全保護肽而言，其多肽側鏈保護基團不需要全部保護，僅保護個別的側鏈活性基團，其優點是提高了多肽的溶解性，減少了空間位阻。在多肽合成衍生物的過程中，局部保護肽和全保護肽非常類似，小編就不再做進一步介紹了。